陰莖短小有以下原因：1、內(nèi)分泌障礙：陰莖短小可能是先天性疾病或者先天性畸形，與內(nèi)分泌系統(tǒng)、激素產(chǎn)生的原因有關(guān)，內(nèi)分泌系統(tǒng)出現(xiàn)問(wèn)題，比如垂體、腎上腺分泌激素障礙，不能刺激陰莖或者睪丸，導(dǎo)致陰莖發(fā)育不良；2、睪丸應(yīng)答障礙：垂體或者腎上腺分泌的激素正常，睪丸無(wú)法響應(yīng)，雄激素分泌障礙，導(dǎo)致陰莖發(fā)育出現(xiàn)問(wèn)題；3、病因不明：各個(gè)內(nèi)分泌器官分泌激素水平正常，睪丸本身應(yīng)答正常，這種情況屬于原因不明的陰莖短小。