肛瘺的原因目前還不清楚，主要原因是肛竇炎、肛竇感染引起的肛周感染，最主要的是肛竇感染，即肛竇感染擴散引起肛周膿腫。所以有時把肛周膿腫診斷為肛瘺，其實肛周膿腫與肛瘺是一個病的兩個過程。肛竇感染以后引起肛周感染，若沒有重視，有時會慢慢擴散，通過皮膚穿出去引起肛瘺、直腸肛門損傷。 有外傷或者直腸損傷時，糞便會順著竇道流到肛周引起感染，感染破潰后會形成肛瘺，這也是肛瘺的主要原因。肛裂反復感染時，糞便也會流到肛周引起感染、破潰，形成肛瘺。