舌咽神經痛沒有自愈的可能性。舌咽神經痛是神經刺激性疾病，隨著病程延長，很多患者的疼痛頻率、疼痛程度都逐漸增強或更頻繁，若沒有去除疾病病因，不管是血管或腫瘤壓迫、骨性刺激，自愈的可能性幾乎沒有。 舌咽神經痛可能有中間緩解期，即患者在這段時間疼，過一段時間有可能不疼，但再過一段時間又出現疼痛。出現中間緩解期的原因目前還不太明確，部分患者中間可能有段時間完全不疼，常以為自己已經痊愈。