肛門墜脹和胚胎停育沒有直接相關性，肛門墜脹是很多疾病的表現。胚胎停育的時候，可能會出現類似于痛經的感覺，而且胚胎停育有時會自行排出，排出的時候刺激到子宮，引起子宮收縮。由于子宮與直腸緊挨，可能會刺激到直腸產生類似于肛門墜脹的感覺，但不是胚胎停育就一定會有肛門墜脹的感覺。女性在盆腔內有一個最低的位置，稱為子宮直腸窩即道格拉斯窩，是子宮和直腸之間有凹陷。如果盆腔內炎癥滲出，或者盆腔內出血，或者盆腔內其他液體，在直立位的時候容易積存。而直腸窩后是直腸，液體過多積聚就會刺激直腸，產生肛門墜脹的感覺，但是無大便排出，即肛門墜脹感的來源。部分女性有直腸病變，也會產生肛門墜脹感。