做腎穿刺會有疼痛的感覺，患者通常是在皮下穿刺針，進入到皮膚時感覺到疼痛。此外較為明顯的疼痛位置是在腎包膜、腎被膜上，通常進行腎穿刺操作時，要在局部麻醉下進行。疼痛不會特別劇烈，多數患者都能夠耐受，并不需要全麻等。更復雜、更高級的局部浸潤麻醉，可以達到止疼，完成操作的目的。通常在操作時應先進行局部的浸潤麻醉，要在皮下穿刺通道上進行麻醉。此外要在腎表進入到腎被膜的位置上，進行表面深部的麻醉。通過針道進行麻醉后，在穿刺操作時患者可能僅有隱痛或不適感，不會出現難以忍受的疼痛。進行穿刺時，只需局部麻醉即可，患者通常都能耐受。