遺精時尿道口疼，可以口服以下藥物進行治療：1、阿奇霉素分散片：對多組尿道和生殖道致病菌，有明顯的治療效果；2、中成藥物：如熱淋清顆粒口服后，可以明顯減輕遺精后尿道口疼痛的癥狀，口服三金片后也可以明顯緩解癥狀；3、四環(huán)素類抗生素：如鹽酸米諾環(huán)素，對淋球菌、支原體、衣原體，都有較好的抑菌和殺菌作用，還可以服用鹽酸多西環(huán)素，對耐藥的衣原體和支原體，尤其是解脲支原體，有明顯的治療效果，多數(shù)病人主訴尿道口疼痛癥狀明顯減輕；4、磷霉素氨丁三醇散：對大腸桿菌以及糞腸球菌、屎腸球菌感染引起的尿道口疼痛癥狀，有較好的治療效果。