大部分自身免疫性腦炎病人，沒有后遺癥，個別遺留后遺癥的病人，主要是一些認(rèn)知功能下降或者癲癇。因為對于現(xiàn)在的自身免疫性腦炎，90%左右的病人是抗NMDA受體腦炎，這一類腦炎的主要癥狀是精神行為異常、認(rèn)知功能下降和癲癇發(fā)作。大部分病人精神癥狀都能得到很好地控制，但是反復(fù)癲癇的病人，認(rèn)知功能下降，癲癇不好控制。只有個別重癥病人可能會遺留認(rèn)知下降和癲癇發(fā)作，但是70％-80％及以上的病人，不遺留后遺癥。所以自身免疫性腦炎后遺癥不是很多，極個別特別重癥的病人，可能會出現(xiàn)記憶力下降或者反應(yīng)遲鈍等認(rèn)知功能的一些輕度異常，以及癲癇持續(xù)狀態(tài)，持續(xù)時間比較長可能會控制不好，會出現(xiàn)偶爾的癲癇復(fù)發(fā)或者發(fā)作。