腎結石的主要危害主要包括梗阻、感染，損害腎功能、導致尿毒癥。如果患者腎結石堵在輸尿管內，就會引起同側的輸尿管梗阻。梗阻會加重積水，同時導致結石逐漸增大，而且還會引起感染，這些癥狀具有關聯性。如果出現梗阻，會加重該側的腎積水，早期可能沒有臨床表現。但是隨著積水加重，腎皮質會越來越高，腎臟的功能會受到嚴重損害。后期就會引起腎功能衰竭，嚴重時稱為尿毒癥，需要進行血液透析。