胃間質瘤肝轉移是常見的腫瘤轉移部位，出現肝轉移說明疾病已進入晚期，但依然有良好的治療手段，在腫瘤轉移數目較少的情況下，可以考慮進行外科手術切除，或經皮肝射頻消融術。不能通過局部手術以及射頻消融治療者，可以考慮在明確診斷后進行靶向治療，預后相對較好。通過上述綜合治療措施，患者生存時間能夠達到幾年以上。