早上起來肚子疼的原因，常見有以下幾種：1、膀胱憋尿：膀胱充盈時可能會引起肚子疼，因尿憋時間過長；2、腹部著涼：晚上睡覺時被子沒蓋好，出現(xiàn)肚子著涼，早上起來時腸管受到涼的刺激，出現(xiàn)痙攣性收縮，引起肚子疼；3、自主神經功能紊亂：如腸功能紊亂，早上起來后腸管出現(xiàn)痙攣性收縮，引起肚子疼；4、其他原因：腹部臟器病變，如小腸的炎癥性疾病，還有潰瘍性結腸炎、腸結核、克羅恩病或者腫瘤性疾病，如間質瘤、腺癌等。上述病因，需根據(jù)疼痛部位、疼痛性質，進行相應檢查，如結腸鏡、胃鏡、小腸造影檢查，查看是否有消化道或者其他腹腔臟器疾病。